Tiền thân là Trung tâm Giao dịch Chứng khoán Hà Nội (HASTC), được thành lập theo Quyết định số 127/1998/QĐ-TTg ngày 11/7/1998 của Thủ tướng Chính phủ, chính thức đi vào hoạt động từ năm 2005 với các hoạt động chính là tổ chức thị trường giao dịch chứng khoán niêm yết, đấu giá cổ phần và đấu thầu trái phiếu. Ngày 2/1/2009, Thủ tướng Chính phủ đã ra quyết định số 01/2009/QĐ-TTg chuyển đổi TTGDCK Hà Nội, thành Sở GDCK Hà Nội. Ngày 24/6/2009 Sở GDCK Hà Nội chính thức hoạt động theo hình thức công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên thuộc sở hữu nhà nước với vốn điều lệ là 1.000 tỷ đồng.

Sau gần 7 năm hoạt động, quy mô của Sở đã phát triển mạnh mẽ với 3 thị trường giao dịch thứ cấp trên một nền công nghệ hiện đại: cổ phiếu, thị trường trái phiếu Chính phủ và thị trường UPCoM; song song với đó Sở GDCK Hà Nội cũng tổ chức các hoạt động đấu giá cổ phần và đấu thầu trái phiếu Chính phủ.

Chức năng của Sở GDCK Hà Nội là đơn vị chịu trách nhiệm tổ chức quản lý và điều hành thị trường giao dịch chứng khoán. Mục tiêu hoạt động của Sở GDCK Hà Nội là tổ chức vận hành thị trường giao dịch chứng khoán minh bạch, công bằng, hiệu quả; phát triển hạ tầng cơ sở và các sản phẩm mới phục vụ cho thị trường, tăng cường thu hút đầu tư trong nước và quốc tế, thể hiện vai trò là kênh huy động vốn quan trọng của nền kinh tế, đảm bảo lợi ích cao nhất cho nhà đầu tư và doanh nghiệp tham gia thị trường.

Với những đóng góp và thành tích hoạt động của mình, Sở GDCK Hà Nội đã được Chủ tịch nước trao tặng Huân chương Lao động hạng Nhì năm 2010.